一、試驗前準備
1.儀器耗材
熒光定量PCR儀、高速冷凍離心機、組織勻漿機、磁力架、無RNase槍頭/離心管、研缽、DEPC水、商品化豬瘟熒光RT-PCR試劑盒(一步法,靶標5’UTR保守區,FAM探針)、75%乙醇、無水乙醇。
2.對照設置(每批次必加)
陰性提取對照(NEC):無菌生理鹽水,同步提取RNA
無模板對照(NTC):DEPC水替代模板RNA
陽性對照(PC):試劑盒CSFV陽性RNA
3.安全要求
全程戴無粉手套、口罩;樣本、廢液高壓滅菌;槍頭一次性使用,嚴禁跨區帶回。
二、第一步:樣品采集與前處理
1.各類樣品處理
1)組織樣品(扁桃體、脾臟、淋巴結很優)
取50~100mg組織,加5倍體積DEPC生理鹽水,勻漿充分;4℃、3000g離心15min,取上清200μL用于RNA提取分析測試百...。
2)EDTA抗凝血
混勻后直接取200μL血漿/全血裂解提取。
3)口鼻拭子、糞便
拭子浸泡1mL生理鹽水振蕩10min;糞便加1mL生理鹽水渦旋,3000g離心15min,取上清200μL。
4)細胞培養液
反復凍融3次,取200μL上清。
2.樣品暫存
提取前2~8℃≤24h;長期保存-80℃,避免反復凍融。
三、第二步:病毒總RNA提取(磁珠試劑盒通用流程)
取200μL樣品上清加入含裂解液的1.5mL無酶管,渦旋1min,室溫靜置5min充分裂解。
加入20μL磁珠懸液,顛倒混勻,室溫吸附10min,每2min輕彈管壁。
磁力架靜置2min,徹底棄去上清,不要觸碰磁珠沉淀。
洗滌1:加500μL洗滌液1,重懸磁珠,吸附棄廢液;
洗滌2:加500μL洗滌液2,重復洗滌1次,吸凈全部廢液;
室溫干燥5~10min(禁止完全干透,RNA降解);
加入50μLDEPC洗脫液,65℃孵育5min洗脫RNA;磁力架分離,吸取上清RNA至新無酶管,冰上備用或-80℃保存。
四、第三步:熒光RT-PCR反應體系配制(25μL一步法體系,冰上避光操作)
配液操作要點
按樣品數量計算預混液總量:(樣品數+3對照)×20μL,統一配制預混液,減少加樣誤差;
預混液渦旋混勻,瞬時離心10s;
每管分裝20μL預混液,再分別加入5μL對應模板;
蓋緊管蓋,1000g瞬時離心10s,轉移至擴增區上機。
五、第四步:熒光PCR擴增程序
反轉錄階段(1循環):50℃,15min(RNA反轉錄為cDNA)
預變性(1循環):95℃,10min
擴增循環(40個循環):
95℃,15s(變性)
60℃,60s(退火延伸,此步采集FAM熒光信號)
熒光通道選擇:FAM;基線、閾值按儀器自動設置,必要時手動微調。
六、第五步:結果有效性判定(整批實驗合格前提)
陽性對照PC:出現典型S型擴增曲線,Ct值≤32,實驗有效;
NTC無模板對照、NEC陰性提取對照:無擴增曲線、無Ct值;
若對照不滿足,整批作廢,重新提取復測。
七、第六步:待測樣品判讀標準
陽性:出現標準S型擴增曲線,Ct≤38;
可疑:38<Ct<40,曲線微弱上揚;需重新提取RNA、重復檢測;兩次均可疑判定陽性;
陰性:無擴增曲線,Ct≥40,判定無豬瘟病毒核酸。
八、附錄:Trizol傳統RNA提取簡要步驟(無磁珠試劑盒時備用)
200μL樣品上清加800μLTrizol,劇烈振蕩1min,室溫5min;
加200μL氯仿,振蕩15s,靜置3min,12000g4℃離心15min;
吸取上層水相至新管,加等體積預冷異丙醇,-20℃沉淀30min;
12000g離心15min,棄上清,75%DEPC乙醇洗滌沉淀2次;
干燥3~8min,30~50μLDEPC水溶解RNA,冰上待用。
九、關鍵質控與注意事項
分區操作:樣品前處理、核酸提取、配體系、擴增四區工具、槍頭、手套完全分開;
RNA極易降解:全程低溫,操作快速,避免核酸酶污染;
氣溶膠污染防控:開蓋輕柔,離心后再開蓋,廢液、廢管121℃高壓滅菌;
試劑盒避光保存,酶液冰上放置,避免反復凍融;
組織樣品勻漿務必充分,否則病毒釋放不足導致假陰性。